水利工程学科以学院学科为主要支撑，是国家首批“211工程”重点建设学科、国家一级重点学科、国家优势学科+创新平台建设学科，2008年、2012年全国学科评估排名均为第一，2016年全国第四轮学科评估获评A，继续保持排名第一。2010年和2014年连续入选江苏高校优势学科建设工程，2017年和2022年连续入选国家“双一流”建设学科。国家双一流建设学科：水利工程国家重点学科：水力学及河流动力学、水工结构工程、水利水电工程博士二级学科授权点：水力学及河流动力学、水工结构工程、水利水电工程、水利水电建设与管理硕士一级学科授权点：安全科学与工程专业博士学位授权点：土木水利专业硕士学位授权点：土木水利博士后流动站：水利工程

学院水工结构工程是我国同类专业中建立最早、培养学生最多的学科，由徐芝纶院士于1952年创建。1981年同时获得硕士、博士学位授予权，1990年建立博士后流动站，1996年成为水利部重点学科，1997年为国家“211工程”重点建设学科，1999年设立教育部长江学者奖励计划特聘教授岗位，2001年成立教育部水利水电工程安全工程研究中心，2001年被评为国家重点学科点。本学科目前由吴中如院士等作为学科带头人，有周君亮、陈厚群等双聘院士作为学术顾问，一批具有博士学位教师为学科主体。

水力学及河流动力学学科是学院最具实力的传统学科之一，为国家的水利建设作出了巨大的贡献，是一个在国内外颇具影响的学科。1981年成为国内首批具有博士、硕士学位授予权的学科，1994年经江苏省人民政府批准成为江苏省首批重点学科，1996年成为国家“211工程”重点建设学科。1999年经教育部批准，该学科设立了“长江学者计划”特聘教授岗位。2001年经教育部批准，与水工结构学科共同成立了教育部水利水电安全工程研究中心。

学院水利水电工程学科由伍正诚教授于1952年创建，是学院最具实力的传统学科之一，为国家的水利建设作出了巨大的贡献。水利水电工程学科1984年取得硕士学位授予权，1993年取得博士学位授予权并建立了博士后流动站，1996年被评为水利部重点学科，其水力发电试验中心被评为水利部重点实验室；1996年成为国家“211工程”重点建设学科，2001年经教育部批准，与水工结构学科共同成立了教育部水利水电安全工程研究中心。本学科目前拥有一批中、青年教授、博导作为学术方向带头人；陆佑楣、周君亮等双聘院士作为科学研究顾问，一批博士学位的教师为学科主体。

水利水电建设工程管理是为了顺应我国水利水电“建管并重，综合整治”的发展趋势而设置的新学科，该学科属于水利工程一级学科，是一门基础研究与应用研究相结合，适应新时期可持续发展、服务于水利、土木等工程的学科。本学科目前拥有一批中青年教授、博导作为学术方向带头人，陆佑楣等双聘院士作为科学研究顾问，一批具有博士学位的教师为学科主体。